綜合所得稅的扣除額，有分標準扣除額和列舉扣除額2種，可以自由選擇一種申報。其間主要的不同是，標準扣除額不須出具證明就可以適用，而列舉扣除額則須檢附證明文件，故平常即應注意支出憑證之蒐集保存。因為要檢附相關證明，有些列舉扣除項目是沒有金額的限制，完全核實減除，像醫藥生育費及災害損失等便是。而標準扣除額在不須證明下，不論所得高低，都只能按固定金額扣除，今(2011)年要申報的標準扣除額，單身是7.6萬元，夫妻合併申報則是15.2萬元。 要選擇何種扣除額申報較能節稅，技巧無他，只要看看申報時同一申報戶成員中，在年度內所支付的醫藥及生育費、人身保險費、自用住宅購屋借款利息支出或房屋租金支出、捐贈及災害損失等金額總和，有無超過標準扣除額的額度，答案如果是肯定的，應該要選擇採用列舉扣除額並檢附證明文件申報，最為有利。 不過，同一綜合所得稅申報戶中的每個人各種所得都要合併申報，但並不是每個人所發生的費用都可申報扣除。 例如，列舉扣除項目中，保險費的支出，只限納稅義務人、配偶、同申報戶的父母、子女等直系親屬的人身保險費，才可在一定額度內從綜合所得中減除，其餘家屬即使是同戶申報，也有人身保險費支出，但不能適用列舉扣除保險費的規定。 又如，特別扣除額項目中，教育學費特別扣除額也只限於納稅義務人申報扶養的子女就讀大專以上院校，方可在每人2.5萬元限額內扣除。納稅義務人、配偶或申報扶養的兄弟姊妹就讀於大專以上院校，是不能申報扣除的。 稅法規定，必須是納稅義務人申報扶養子女之教育學費才可扣除，其他受扶養親屬的教育學費不得扣除。此外，如果因為子女已成年且有工讀及利息收入，而由子女獨立申報所得稅，則納稅義務人因未扶養其子女，而子女本身為納稅義務人單獨申報，故兩者都不能列報此一扣除額。 另外，必須是就讀大專以上院校者才有資格申報(如就讀五專院校，必須在專四以上)，含國內、外院校。但空中大學、空中專校及五專前三年及已接受政府補助者除外。納稅義務人的子女就讀未經教育部認可之大陸地區學校的學費，不可列報扣除。 同時，已接受政府補助者按規定是不得扣除的。但是，公教人員雖領有子女教育補助費，因該子女教育補助費為薪資所得而非政府補助，仍然可以申報此一扣除額。 另外，重購自用住宅扣抵稅額也只限於納稅義務人或配偶的換屋情況，才可適用。 現行所得稅法為配合社會福利政策，列有身心障礙特別扣除額的減稅項目，供有身心障礙人士的家庭減輕一些所得稅負。身心障礙特別扣除額適用的對象，包括納稅義務人、配偶或申報受扶養親屬為領有身心障礙手冊者，或是精神衛生法第3條第4款規定的嚴重病人都可適用，每人可以扣除10萬4千元的身心障礙特別扣除額。 精神衛生法第3條第4款規定的嚴重病人，是指病人呈現出與現實脫節之怪異思想及奇特行為，致不能處理自己事務，經專科醫師診斷認定者。
